I use the below template to render nodes (so that root nodes do not have a checkbox), but when I click checkAll button the root node(s) content are also displayed as selected

You should provide an event to custom handle this behavior and ignore nodes unselectable

 .Checkboxes(setting => setting
                                                .CheckChildren(true)
                                                .Template("# if (item.level() > 0) { #" +
                                                            "<input type='checkbox' #= item.checked ? 'checked' : '' #>" +
                                                            "# item.text = item.SymptomName #" +
                                                            "#}else{#" +
                                                                "# item.text = item.LocationName #" +
                                                            "#}#"
                                                )
                                )

Keep up the awesome work !